Der New Yorker Polizist James Edwards trifft bei einer Verfolgungsjagd überraschend auf einen Außerirdischen, der daraufhin Selbstmord begeht. Kurz darauf tritt der mysteriöse Agent K in Edwards Leben, der ihn für die Geheimorganisation „Men in Black“ rekrutiert. Denn was der normale Bürger nicht wissen darf: Außerirdische leben schon seit Jahrzehnten auf der Erde, diese ist nach K.s Worten so etwas wie „Casablanca ohne Nazis“. Außerirdische aus allen Teilen der Galaxis können auf der Erde Asyl beantragen und hier Zuflucht finden. Die Men in Black erteilen Aufenthaltserlaubnisse und kümmern sich darum, dass sich die Außerirdischen auf der Erde nicht allzu sehr daneben benehmen und illegale Außerirdische abgeschoben werden. Ein besonderes Hilfsmittel, um ihre Tätigkeit vor den Menschen zu verbergen, ist der Neuralisator, ein oft benutzter Kurzzeitgedächtnis-Löscher.

Nachdem Edwards aller Identifikationsmerkmale beraubt wird, ist er fortan Agent J und arbeitet an der Seite von Agent K. Zusammen müssen sie ein illegal auf der Erde gelandetes Rieseninsekt, eine extrem bösartige Schabe zur Strecke bringen. Die hochintelligente Schabe ist auf der Suche nach einer Mini-Galaxie und kann sich dabei zeitweise in der Hauthülle eines Menschen verstecken. Die Galaxie, eine Super-Energiequelle, wurde von guten Aliens auf der Erde versteckt. Mit Hilfe verschiedener Gimmicks und futuristischer Waffen verhindern J und K, dass die Mini-Galaxie in die Hände der Riesenschabe fällt, weil anderenfalls die ganze Erde zerstört worden wäre.